Турецкий суд постановил, что после экстрадиции Агджа должен отсидеть за давнее убийство десять лет, притом что первоначальным приговором для него предусматривалось пожизненное заключение. Был освобождён из тюрьмы в 2006 году, попав под амнистию, но пробыл на свободе не более восьми дней. Общественность была возмущена тем, что опасный преступник снова на свободе, а адвокаты Агджи уверяли, что его жизни угрожают спецслужбы бывших соцстран, о деятельности которых он якобы очень много знает. Верховный суд Турции отменил решение суда низшей инстанции и Агджа был снова заключён под стражу. На свободу он вышел только в 2010 году и тут же пообещал совместно с Дэном Брауном написать книгу под названием «Код Ватикана», где, наконец, сможет рассказать всю правду о покушении на папу. Однако через несколько часов после освобождения Агджа сел в подъехавший за ним автомобиль, и по сей день его больше никто не видел.

Организация «Серые волки», к которой и принадлежит Агджа, продолжает существовать и в наши дни. В 2015 году, когда турецкими ВВС был сбит российский Су-24, катапультировавшийся экипаж был обстрелян с земли именно «серыми волками», один из которых сначала взял на себя вину за убийство командира экипажа, затем в суде, растеряв всю спесь, от своих слов отказался.

Версия о причастности КГБ к покушению на Иоанна Павла II во времена Горбачёва с превеликим рвением пытался доказать председатель КГБ Бакатин. В 1991 году, после того как в знак доброй воли он передал американцам по просьбе Горбачёва схему «прослушки» посольства США в Москве, Бакатин не без указания сверху принялся искать в архивах Лубянки компромат на возглавляемую им службу. Что характерно, никаких следов найти так и не удалось, очевидно, потому что их никогда и не было.