жизни был насильственно пострижен в монастырь касимовский царевич Симеон Бекбулатович. В 1574 году по прихоти Грозного его провозгласили в Москве царем, через год низложили и сослали в Тверь; позднее, по повелению Годунова он был ослеплен, возвращен при Лжедмитрии, но ненадолго. Новый царь Василий Шуйский, не слишком уверенный в своих династических правах, поспешил упрятать показавшегося ему опасным конкурента в дальний монастырь на Белоозеро. Из отбывавших ссылку в Кириллове в XVII веке наиболее крупной фигурой был, безусловно, патриарх Никон. В 1676 году, после смерти царя Алексея Михайловича, его перевели сюда под особо строгий надзор из соседнего Ферапонтова монастыря, где он содержался до этого. Лишь через пять лет, уже смертельно больной, Никон получил разрешение вернуться в основанный им подмосковный Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, но так и не добрался туда, скончавшись по дороге. Как место заключения Кириллов использовался до второй половины XIX века, но среди его узников известных исторических лиц мы уже не находим.

Во время польско-литовского нашествия Кириллов монастырь оказался одной из немногих крепостей на северо-востоке Руси, способных оказать сопротивление неприятелю. Впервые отряды интервентов появились в Белозерье в 1612 году. В августе они подошли к стенам монастыря, разграбили и пожгли посады, но попытки взять монастырь не сделали. В декабре отряды, руководимые паном Бобовским и полковником Песоцким, снова осадили монастырь и в ночь на 11 число произвели ожесточенный приступ. Находившиеся в монастыре стрельцы, монастырские крестьяне, служки и сами монахи оказали упорное сопротивление. Многих «воровских людей» убили, а часть утонула в озере, в прорубленной во льду перед стенами борозде. Был убит пушечным выстрелом и сам полковник Песоцкий, и противнику пришлось отступить от монастыря. Польско-литовские отряды продолжали опустошать Белозерье и в последующие годы. Вплоть до 1616 года монастырь находился под постоянной угрозой нападения.

Общий экономический упадок, вызванный событиями Смутного времени, отразился на монастырском строительстве менее болезненно, чем это было в центральных районах России. Уже около 1630 года началось укрепление монастырских стен, пострадавших от времени и боев, а в 1640-е годы — возвели несколько новых зданий. Во второй половине XVII столетия в Кирилло-Белозерском монастыре развернулось небывалое по размаху строительство, сделавшее его одной из самых сильных крепостей на Руси. Оно было начато в 1653 году по царскому указу и велось в течение 30 лет на средства самого царя Алексея Михайловича, отпустившего для этого колоссальную денежную сумму — 45 тысяч рублей. Наблюдал за строительством стен «ближний боярин» и воспитатель царя Борис Иванович Морозов.

Возведение столь грандиозной крепости среди лесов Белозерья было вызвано двумя причинами. Во-первых, Кириллов монастырь прикрывал от старого врага Москвы — Швеции — важное разветвление водных путей, ведущих из Москвы к Заонежью и на Северную Двину. Последнее приобрело еще большее значение после открытия торгового пути в Европу (Англию и Голландию) через Белое море.

Второй и, возможно, главной причиной послужило внутриполитическое положение Московского государства, часто повторявшиеся восстания городских низов и крестьянства. В этой обстановке царю Алексею Михайловичу приходилось заботиться о создании надежного убежища на севере, далеко от Москвы. Показательно в этом смысле тесное участие в деле строительства новой крепости Бориса Ивановича Морозова. Во время московского восстания 1648 года возмутившийся народ требовал выдачи для расправы наиболее ненавистных бояр, в их числе и Морозова. Желая спасти своего любимца, царь Алексей Михайлович тайно отослал боярина в Кирилло-Белозерский монастырь. В грамоте игумену монастыря и соборным старцам царь указывает, чтобы никто не сведал о местонахождении боярина: «…а если сведают, и я сведаю, и вам быть казненным, а если убережете его так как и мне добра ему зделаете, и я вас пожалую так, чево от зачяла света такой милости не видали». Царская милость выразилась в пожаловании 40 тысяч рублей на строительство крепости.

Новой крепости Кириллова монастыря, как и многим другим, возведенным в XVII столетии, так и не суждено было увидеть неприятеля. Грандиозные башни и стены, поражающие воображение своей суровой красотой, с развитием военной техники потеряли былое значение неприступной твердыни. Монастырь, как и весь Белозерский край, оказался далеко в стороне от основных политических событий Российской империи.

На рубеже XVII и XVIII веков интенсивная строительная деятельность монастыря прерывается. Грандиозные замыслы Петра 1 требовали для своего воплощения многих тысяч рабочих рук. Одна за другой приходили в монастырь царские грамоты с требованием присылки для «государева дела» всех монастырских каменщиков, плотников и других людей строительных специальностей. К тому же экономическое положение Кириллова монастыря оказалось далеко не столь блестящим, как прежде. Монастырь больше не нуждался в возведении новых зданий. Строительные работы в основном ограничивались ремонтом и перестройкой существовавших сооружений.

В XVIII-XIX веках Кирилло-Белозерский монастырь уже полностью потерял свое былое значение культурного центра. Художественной ценности его древних построек долгое время не придавали значения, и об их сохранении не слишком заботились. В 1800 году в ответ на просьбу отпустить деньги на ремонт монастырских зданий Новгородский митрополит Гавриил распорядился сломать церкви Гавриила, Введения, Ефимия и некоторые другие замечательные памятники. К счастью, намечавшиеся разрушения были осуществлены лишь в малой степени за недостаточностью средств. И все же с конца XVIII до середины XIX века многие древние здания сломали, а другие нещадно переделали. Но, несмотря на все искажения, замечательный архитектурный ансамбль Кирилло-Белозерского монастыря и сейчас производит незабываемое впечатление суровой простотой своих башен и благородной изысканностью архитектуры храмов.

С начала и особенно с середины прошлого века древности Кириллова монастыря начали привлекать любителей старины и стали предметом изучения. Некоторые из исследователей, такие как кирилловские архимандриты Варлаам и Иаков, были напрямую связаны с монастырем. Окончил свою жизнь в Кириллове и похоронен там один из первых историков русской церкви Пензенский архиепископ Амвросий (Орнатский), опубликовавший ценнейшие документы по истории монастыря. Особую научную ценность имеет посвященный монастырю