По милости Божией Блаженнейший Владыка Владимир благословил перенести останки монахини Алипии (Авдеевой) в мужской монастырь «Свято-Покровская Голосеевская Пустынь», в котором матушка жила, подвизалась и старчествовала в последние годы своей жизни.
Обретение святых мощей старицы Алипии состоялось утром 5/18 мая 2006 года. В обретении участвовали отец наместник Архимандрит Исаакий, отцы, братия и прихожане монастыря «Свято-Покровская Голосеевская Пустынь», духовные чада блаженной старицы и ее почитатели, представители администрации Лесного кладбища, городской милиции и санэпидемстанции.
Перед вскрытием могилы Архимандрит Исаакий отслужил заупокойную литию. Отцы и братия аккуратно сняли крест, выкопали цветы с могилы блаженной, и под пение Пасхальных и заупокойных песнопений начались раскопки. Они длились недолго – немногим более часа и проходили очень тихо и мирно. Не было, наверное, в тот момент человека, который не ощутил бы в своем сердце этот особенный внутренний покой, «мир, всяк ум превосходящий».
Когда же достигли гроба, то все присутствующие сплотились вокруг могилы. Гроб частично истлел. Святые останки матушки Алипии были обретены в монашеской одежде.
Хорошо сохранились деревянные иконки, положенные в гроб и деревянные монашеские четки. Все это вместе с мощами аккуратно переложили в новый гроб и поставили в монастырский микроавтобус. В сопровождении милиции и внушительного эскорта машин мощи Голосеевской старицы стали возвращаться домой – в возрожденную обитель, на руинах которой матушка Алипия прожила последние девять лет своей жизни. Они проехали по утренним проспектам и улицам, мимо любимой Демиевской церкви…
У святых врат обители отец наместник с братией и прихожанами встретил и честные мощи блаженной. Под пение «Святый Боже…» отцы внесли их в храм в честь иконы Божией Матери, именуемой «Живоносный Источник». Архимандрит Исаакий с амвона поздравил всех с возвращением матушки домой, после чего началась первая панихида перед обретенными мощами старицы, которую священнослужители совершили соборне.
В настоящее время мощи матушки Алипии находятся в мраморной гробнице в усыпальнице под храмом в честь иконы Божией Матери, именуемой «Живоносный Источник», где ежедневно совершаются панихиды об упокоении души блаженной старицы.