Вы перемещали объект, а он при этом прятался от Вас за окружающие предметы. Очевидно, что эту проблему можно решить, меняя лишь порядок следования слоев в функции startDrag().

Я далек от мысли, что Вас устроит перемещение красных, зеленых и синих кубиков по Вашей web странице. Добавьте немного красивой графики, и читатели уже запомнят Вашу страницу. Вы можете поместить что-либо в объект слоя. Например, положите туда один тэг <img>, если хотите, чтобы ваш объект предстал в виде графического изображения.